Klub został założony w 1919 roku, przed II wojną światową uczestniczył w rozgrywkach klasy B podokręgu lwowskiego. Po wojnie od 1944 roku kub działał pod nazwą OMTUR Nisko, a później, we wczesnym okresie PRL funkcjonował pod innymi nazwami w ramach nomenklatury zrzeszeń sportowych: KS Związkowiec Nisko, KS Ogniwo Nisko, KS Sparta Nisko, LKS Orkan Nisko i LKS Zenit Nisko. W latach 50. XX wieku, Sokół występował w okręgowych rozgrywkach w piłce nożnej województwa rzeszowskiego, które były ówcześnie trzecim szczeblem ligowym. W sezonie IV ligi 1965/1966 Sokół zapewnił sobie awans do III ligi. Ostatecznie, w wyniku reorganizacji ligowej, klub z Niska znalazł się w IV lidze okręgowej, w której w pierwszym sezonie zajął piąte miejsce. 10 sierpnia 1965 roku Zenit Nisko wygrał mecz finałowy wojewódzkich eliminacji Pucharu Polski, rozgrywany przeciwko Karpatom Krosno 3:0; w centralnej edycji sezonu 1965/1966 klub z Niska przegrał w pierwszej rundzie z Unią Oświęcim 0:2. W sezonie 1978/1979, klub wrócił do pierwotnej nazwy Sokół Nisko.

Sokół wygrał Puchar Polski na szczeblu podokręgu Stalowa Wola w sezonach 2007/2008 oraz 2008/2009, pokonując kolejno w finałach: Tłoki Gorzyce po rzutach karnych oraz Siarkę Tarnobrzeg po dogrywce wynikiem 5:4.

W XXI wieku Sokół Nisko grał na szczeblu IV-ligowym w latach 2002-2004, 2005-2007, 2008-2012, 2013-2019, 2020-2021 i od 2022 – za każdym razem po spadku do ligi okręgowej, klub wracał do IV ligi w swoim pierwszym sezonie. 11 czerwca 2022 roku, dzięki wygranej 4:0 nad Stalą Nowa Dęba, zapewnił sobie awans do IV ligi, grupy podkarpackiej na dwie kolejki przed końcem sezonu.